心磁图仪的优点在于早期识别冠状动脉疾病，与心电图（ECG）相比具有更高的敏感性和特异性，测量值不失真，无测量干扰，无潜在的有害辐射或其它能量，不使用化学造影剂或助剂，与患者没有接触，检查时间短，测量可在普通房间（无屏蔽）内进行。除了早期识别冠状动脉疾病，心磁图仪还具有以下几项用途：

1. 心电图（ECG）显示无异常，但患者伴有心绞痛症状； 

2. 急性胸痛的鉴别诊断：心肌缺血早期症状的识别； 

3. 心电图（ECG）T波倒置患者诊断和鉴别诊断； 

4. 检测存活心肌； 

5. 高风险专业人员心脏健康评估； 

6. 冠状动脉疾病（CAD） 药物治疗效果评估； 

7. 冠状动脉疾病（CAD） 血管形成术改变(PTCA)或搭桥术后的随访检查； 

8. 恶性心律失常猝死的风险评估； 

9. 心肌病的诊断和鉴别诊断。